pandas 【R】遺伝子IDおよび遺伝子シンボルの相互変換【biomaRt】
遺伝子名のフォーマットはEnsemblやUniProt等のデータベース毎に異なります。例えばARF5は遺伝子シンボルと呼ばれるフォーマットですが、この遺伝子のEnsemblにおける名称はENSP00000000233、UniProt IDに...
生命情報科学
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RNA-Seq 【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【ペアエンド】
ペアエンド の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。はじめにLinux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。md5sumによるデータの確認Trimmo...
RNA-Seq 【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【シングルエンド】
Single End の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。はじめにLinux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。md5sumによるデータの確認T...
RNA-Seq 【備忘録】HISAT2の準備【RNA-Seq】
RNA-Seqデータ解析などで用いる HISAT2 のインストール方法と使い方についてメモします。ダウンロードこちらから「Binaries」の「Version: HISAT2 2.2.1」をクリックし、「Version: HISAT2 2....
RNA-Seq 【備忘録】Trimmomaticの準備【RNA-Seq】
SNP calling や RNA-Seqデータ解析などで用いる Trimmomatic のインストール方法と使い方についてメモします。はじめにTrimmomatic は Java で書かれているアダプタートリミング/クオリティチェックのツ...