備忘録 【理論/Python実装】Graphical LASSO【遺伝子発現制御】
はじめにGraphical LASSO（グラフィカルラッソ）は、多変量正規分布に基づく変数間の条件付き独立性を推定し、スパースなネットワーク構造を復元するための強力な手法です。特に、高次元データ（変数の数がサンプル数を大きく超えるデータ）に...
備忘録
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やってみた 【血圧予測#3】Polar OH1の心拍データをリアルタイムで取得【MacOS】
心拍は血流速度です。従って、その時間変化は本質的に血圧の情報を含んでいます。そこで、2点間の心拍から血圧を予測することに挑戦してみます。前回までには、心拍計の選定と心拍数を取得するために必要なラズベリーパイの準備の手順を紹介しました。心拍計...
備忘録 【MacOS Sequoia 15.1】Node.jsのインストールと実行【bash/zsh】
Node.js®はクロスプラットフォームに対応したフリーでオープンソースのJavaScript実行環境です。開発者にサーバー、ウェブアプリ、コマンドラインツール、スクリプトなどを開発する環境を提供します。本記事では、MacOSにnode.j...
備忘録 【Python/Pandas】書式設定を制御してExcelに出力【StyleFrame】
本記事では、PythonのライブラリであるpandasからExcelファイルへ出力する際に、セル内改行や行または列の幅などを指定して出力する方法について説明します。1. StyleFrameの準備StyleFrameというライブラリを利用す...
備忘録 【ChEMBL】化合物のIC50/ID50を調べる
本記事では化合物のIC50およびID50をChEMBLから取得する手順を説明します。IC50は化合物の標的タンパクの半分が活性を阻害される化合物の濃度です。ID50は細胞や生物の半分が化合物の毒性によって死ぬ化合物の濃度です。1. ChEM...
備忘録 【Python】デコレータ【時間計測・Try】
本記事では、Pythonのデコレータ(関数の上の行に付与する@から始まる文言)の使用方法について、関数の時間計測やTry構文を例に説明します。1. 時間計測デコレータは@hogeのように宣言された下の行から始まる関数を引数に取り、その関数を...
備忘録 【Python】化合物名からIUPAC名・InChIKey・CAS番号を取得【pubchempy】
本記事では、alanineのような化合物名からIUPAC名などの他の情報を取得する方法を説明します。具体的には以下の内容の取得について取り扱います。synonyms：別名CIDInChIInChIKeycanonical SMILESiso...
備忘録 【Python】混合ガウス分布【scikit-learn】
1. 理論2. 学習2.1. 基本モデルを宣言し、fitでデータを当てはめます。当てはめた後のオブジェクト(gmm)が学習後のモデルです。means_メソッドやbicメソッド、predictを利用して下流の解析に用います。# librari...
備忘録 【Python】Fisherの正確確率検定【scipy】
1. 理論例として、全タンパクを化合物 $i$の標的であるかという観点、Pathway $j$の構成タンパクであるという観点から以下のような分割表を作成することを考えます。全タンパク ($N$)化合物 $i$ に合計含まれない含まれるPat...
pandas 【R】遺伝子IDおよび遺伝子シンボルの相互変換【biomaRt】
遺伝子名のフォーマットはEnsemblやUniProt等のデータベース毎に異なります。例えばARF5は遺伝子シンボルと呼ばれるフォーマットですが、この遺伝子のEnsemblにおける名称はENSP00000000233、UniProt IDに...