pandas 【R】遺伝子IDおよび遺伝子シンボルの相互変換【biomaRt】
遺伝子名のフォーマットはEnsemblやUniProt等のデータベース毎に異なります。例えばARF5は遺伝子シンボルと呼ばれるフォーマットですが、この遺伝子のEnsemblにおける名称はENSP00000000233、UniProt ID...
UniProt
pandas 
matplotlib 【STRING】Pathway一覧と構成タンパクの取得【Reactome】
Pathwayとは、解凍系のような細胞の中で起きる連鎖的な化学反応のことです。
サンプル間のトランスクリプトームやプロテオームにおいて有意に変動した遺伝子群が似ていても、Pathwayの観点では似ていないことがあります。
その...
pandas 【ChEMBL】化合物の標的タンパクを調べる
本記事では化合物の標的タンパクをChEMBLから取得する手順を説明します。
1. ChEMBLについて
ChEMBLは欧州分子生物学研究所(EMBL)のバイオインフォマティクス研究所(EBI)が運営する医薬品などの化合物に関す...