遺伝子制御ネットワークに基づいたバーチャル細胞の作成

1細胞マルチオーム法

2025.04.25

マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞は細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。

バーチャル細胞の構築には数千〜数万のマルチオミクスデータが必要であるため、現在の主たるバーチャル細胞の構築は細胞の数だけデータが得られる1細胞マルチオミクスを用いて行われています。

本記事では、1細胞マルチオームの基本的な解析とバーチャル細胞の構築方法を説明します。

目次

1. はじめに
2. 目次

1. はじめに

本記事は、以下の続きです。

本記事ではRNA-SeqおよびATAC-Seqなどのマルチオミクスのデータを用いて構築した遺伝子発現ネットワークに基づいてバーチャル細胞を作成する方法を説明します。

2. 目次

細胞の未来予測研究の歴史。
Dynamoを利用したバーチャル細胞の理論と作成。
SCINICを利用したバーチャル細胞の理論と作成。
scGPTを利用した摂動予測。
DeepVeloを利用したバーチャル細胞の理論と作成。
SCINIC+を利用したバーチャル細胞の理論と作成。
scRNA/ATAC-Seqの両方を深層学習/数理モデルを組合わせたバーチャル細胞の理論と作成。
RNA velocity解析による初期値の取得と可視化。

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