ケモインフォマティクス 【ChEMBL】化合物のIC50/ID50を調べる
本記事では化合物のIC50およびID50をChEMBLから取得する手順を説明します。
IC50は化合物の標的タンパクの半分が活性を阻害される化合物の濃度です。
ID50は細胞や生物の半分が化合物の毒性によって死ぬ化合物の濃度で...
ケモインフォマティクス
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pandas 【Python】化合物名からIUPAC名・InChIKey・CAS番号を取得【pubchempy】
本記事では、alanineのような化合物名からIUPAC名などの他の情報を取得する方法を説明します。
具体的には以下の内容の取得について取り扱います。
synonyms：別名
CID
InChI
InChI...
bokeh ダイレクトリプログラミングに必要な医薬品を非医薬品に置換
目的の細胞種あるいは細胞の状態へiPS細胞を介さずに直接変換する方法をDirect Reprogramming (DR)と言います。
iPS細胞への変換と同じように、DRも転写因子を導入することで当初は検討されてきました。しかし、転...
bokeh 医薬品を別化合物に代替
本記事では、医薬品と同様の効果を発揮する低分子化合物を探す方法について説明します。
具体的には、こちらの論文で報告されているiPS細胞を誘導する化合物を代替する低分子化合物の組み合わせを探索します。
ChEMBLに登録されてい...
bokeh 【次元削減(PCA/UMAP)】標的Pathwayに基づいた化合物のクラスタリング【混合ガウス分布】
本記事では、こちらの記事で作成した以下のPathwayスコア行列に基づいて、化合物をクラスタリングします。
Pathway
numpy 【ChEMBL/STRING】化合物の標的Pathwayを取得【正確確率検定】
pandas 【R】遺伝子IDおよび遺伝子シンボルの相互変換【biomaRt】
遺伝子名のフォーマットはEnsemblやUniProt等のデータベース毎に異なります。例えばARF5は遺伝子シンボルと呼ばれるフォーマットですが、この遺伝子のEnsemblにおける名称はENSP00000000233、UniProt ID...
matplotlib 【STRING】Pathway一覧と構成タンパクの取得【Reactome】
Pathwayとは、解凍系のような細胞の中で起きる連鎖的な化学反応のことです。
サンプル間のトランスクリプトームやプロテオームにおいて有意に変動した遺伝子群が似ていても、Pathwayの観点では似ていないことがあります。
その...
pandas 【ChEMBL】化合物の標的タンパクを調べる
本記事では化合物の標的タンパクをChEMBLから取得する手順を説明します。
1. ChEMBLについて
ChEMBLは欧州分子生物学研究所(EMBL)のバイオインフォマティクス研究所(EBI)が運営する医薬品などの化合物に関す...