備忘録 【Python】混合ガウス分布【scikit-learn】
1. 理論
2. 学習
2.1. 基本
モデルを宣言し、fitでデータを当てはめます。
当てはめた後のオブジェクト(gmm)が学習後のモデルです。
means_メソッドやbicメソッド、predict...
matplotlib
備忘録 
1細胞マルチオーム法 医薬品を別化合物に代替
本記事では、医薬品と同様の効果を発揮する低分子化合物を探す方法について説明します。
具体的には、こちらの論文で報告されているiPS細胞を誘導する化合物を代替する低分子化合物の組み合わせを探索します。
ChEMBLに登録されてい...
1細胞マルチオーム法 【次元削減(PCA/UMAP)】標的Pathwayに基づいた化合物のクラスタリング【混合ガウス分布】
本記事では、こちらの記事で作成した以下のPathwayスコア行列に基づいて、化合物をクラスタリングします。
Pathway
1細胞マルチオーム法 【STRING】Pathway一覧と構成タンパクの取得【Reactome】
Pathwayとは、解凍系のような細胞の中で起きる連鎖的な化学反応のことです。
サンプル間のトランスクリプトームやプロテオームにおいて有意に変動した遺伝子群が似ていても、Pathwayの観点では似ていないことがあります。
その...