RNA-Seqデータ解析などで用いる HISAT2 のインストール方法と使い方についてメモします。
ダウンロード
こちらから「Binaries」の「Version: HISAT2 2.2.1」をクリックし、「Version: HISAT2 2.2.1」の「Linux_x86_64」の横にある「https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download」をクリックしてダウンロードします。
インストール
解凍します。
$ unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip
解凍して得られたフォルダの中に、hisat2、hisat2-buildがあり、これらをそのままコマンドとして使うことができます。
インデックスの作成方法
インデックスの作成は以下のように行います。
Hisat2_build=/home/neko/bin/hisat2-2.2.1/hisat2-build Ref=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa Index_name=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel $Hisat2_build $Ref $Index_name
シングルエンドのマッピング方法
BASE=/home/neko
fname=$1
Cpu=14
Read=$BASE/fastq_clean
Dir=$BASE/bam
Hisat2=/home/neko/bin/hisat2-2.2.1/hisat2
Ref=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa
IndexName=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel
samtools=/home/neko/bin/samtools/samtools
mkdir -p $Dir
$Hisat2 -x $IndexName \
-U $Read/$fname.clean.fastq.gz \
-p $Cpu | $samtools view -Shb - > $Dir/$fname.bamペアエンドのマッピング方法
BASE=/home/neko
fname=$1
Cpu=14
Read=$BASE/fastq_clean
Dir=$BASE/bam
Hisat2=/home/neko/hisat2-2.2.1/hisat2
Ref=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa
IndexName=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel
samtools=/home/neko/bin/samtools/samtools
mkdir -p $Dir
$Hisat2 -x $IndexName \
-1 $Read/${fname}_paired_1.fq \
-2 $Read/${fname}_paired_2.fq \
-p $Cpu | $samtools view -Shb - > $Dir/$fname.bam
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