備忘録

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【備忘録】PythonのSympyで(n元連立)(m次)方程式を解く【代数】

Sympyを用いると方程式を代数的に解いてくれます。 本記事では 2元連立1次方程式 10元連立1次方程式 2次方程式(実数解) 2次方程式(複素数解) を例に挙げて Sympy の使い方をメモしま...
RNA-Seq

【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【ペアエンド】

ペアエンド の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。 はじめに Linux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。 md5sumに...
RNA-Seq

【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【シングルエンド】

Single End の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。 はじめに Linux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。 md...
RNA-Seq

【備忘録】HISAT2の準備【RNA-Seq】

RNA-Seqデータ解析などで用いる HISAT2 のインストール方法と使い方についてメモします。 ダウンロード こちらから「Binaries」の「Version: HISAT2 2.2.1」をクリックし、「Version: ...
RNA-Seq

【備忘録】Trimmomaticの準備【RNA-Seq】

SNP calling や RNA-Seqデータ解析などで用いる Trimmomatic のインストール方法と使い方についてメモします。 はじめに Trimmomatic は Java で書かれているアダプタートリミング/クオ...
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【備忘録】PythonのBokehでBandのグラフを描く【可視化】

サムネのようなグラフの描き方を記しておきます。PythonのBokehを用います。 Bokehのインストール Bokehを用いるので、下記等でBokehをインストールしておきます。 pip install bokeh ...
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