numpy 【ChEMBL/STRING】化合物の標的Pathwayを取得【正確確率検定】
$N_c$種類の化合物と$N_p$種類のPathwayがあるとします。
このとき、「化合物$i$ ($i=1, ..., N_c$)の標的タンパク群」と「Pathway$j$ ($j=1, ..., N_p$)を構成するタンパク群」...
pickle
numpy 
matplotlib 【STRING】Pathway一覧と構成タンパクの取得【Reactome】
Pathwayとは、解凍系のような細胞の中で起きる連鎖的な化学反応のことです。
サンプル間のトランスクリプトームやプロテオームにおいて有意に変動した遺伝子群が似ていても、Pathwayの観点では似ていないことがあります。
その...
pandas 【ChEMBL】化合物の標的タンパクを調べる
本記事では化合物の標的タンパクをChEMBLから取得する手順を説明します。
1. ChEMBLについて
ChEMBLは欧州分子生物学研究所(EMBL)のバイオインフォマティクス研究所(EBI)が運営する医薬品などの化合物に関す...