マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞は細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。
バーチャル細胞の構築には数千〜数万のマルチオミクスデータが必要であるため、現在の主たるバーチャル細胞の構築は細胞の数だけデータが得られる1細胞マルチオミクスを用いて行われています。
本記事では、1細胞マルチオームの基本的な解析とバーチャル細胞の構築方法を説明します。
1. はじめに
本記事は、以下の続きです。
本記事ではRのライブラリであるMonocle3による1細胞RNA-Seqデータの解析について説明します。
2. 目次
- 前処理
- バッチ正規化
- クラスタリングによる細胞集団の定義
- 可視化
- Pseudotime解析
- Loupeブラウザへの出力
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