STREAMを用いた解析

1細胞マルチオーム法

マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。

バーチャル細胞の構築には数千〜数万のマルチオミクスデータが必要であるため、現在の主たるバーチャル細胞の構築は細胞の数だけデータが得られる1細胞マルチオミクスを用いて行われています。

本記事では、1細胞マルチオームの基本的な解析とバーチャル細胞の構築方法を説明します。

1. はじめに

本記事は、以下の続きです。

本記事ではPythonのライブラリであるSTREAMによる1細胞RNA-Seq/ATAC-Seqデータの解析について説明します。

2. 目次

  • STREAMプロットの作成。
  • Pseudotimeに沿って有意に変動する遺伝子の抽出。
  • Pseudotimeに沿って変化する遺伝子の発現量のカスタムPlot.
  • Pseudotimeに沿って変化する遺伝子クロマチン領域のカスタムPlot.

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