Seuratを用いた解析

1細胞マルチオーム法

2025.04.22

マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞は細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。

バーチャル細胞の構築には数千〜数万のマルチオミクスデータが必要であるため、現在の主たるバーチャル細胞の構築は細胞の数だけデータが得られる1細胞マルチオミクスを用いて行われています。

本記事では、1細胞マルチオームの基本的な解析とバーチャル細胞の構築方法を説明します。

目次

1. はじめに
2. 目次

1. はじめに

本記事は、以下の続きです。

本記事ではRのライブラリであるSeuratによる1細胞 RNA-Seq/ATAC-Seqデータの解析について説明します。

2. 目次

次元削減・クラスタリングによる細胞集団の可視化
マーカー遺伝子の自動抽出とテーブル描画
Bokehを用いたカスタムFigureの作成
scATAC-Seqに基づいた次元削減・クラスタリングによる細胞集団の可視化
WNNを用いた次元削減・クラスタリングによる細胞集団の可視化
Ridge Plotなどのその他の可視化機能。

コメント