機械学習を用いたバーチャル細胞の作成

1細胞マルチオーム法

2025.04.25

マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞は細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。

バーチャル細胞の構築には数千〜数万のマルチオミクスデータが必要であるため、現在の主たるバーチャル細胞の構築は細胞の数だけデータが得られる1細胞マルチオミクスを用いて行われています。

本記事では、1細胞マルチオームの基本的な解析とバーチャル細胞の構築方法を説明します。

目次

1. はじめに
2. 目次

1. はじめに

本記事は、以下の続きです。

本記事ではLASSOなどの回帰や機械学習を用いて遺伝子発現を予測したモデルを構築し、それに基づいてバーチャル細胞を作成します。

2. 目次

転写因子のリストをJASPARなどのDBから取得する。
LASSOによる転写因子を変数としたモデリング。
LASSOで決定された係数に基づいた発現制御構造の予測と棒グラフによる可視化。
複数遺伝子に対するLASSOの結果をカーネル密度を利用して可視化する。
クロマチン領域のLASSOによるモデリング。
ゼロ過剰LASSOを利用したモデリング。

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