Python 【Python】デコレータ【時間計測・Try】
本記事では、Pythonのデコレータ(関数の上の行に付与する@から始まる文言)の使用方法について、関数の時間計測やTry構文を例に説明します。
1. 時間計測
デコレータは@hogeのように宣言された下の行から始まる関数を引数...
日向ねこ
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pandas 【Python】化合物名からIUPAC名・InChIKey・CAS番号を取得【pubchempy】
本記事では、alanineのような化合物名からIUPAC名などの他の情報を取得する方法を説明します。
具体的には以下の内容の取得について取り扱います。
synonyms：別名
CID
InChI
InChI...
Python 【Python】混合ガウス分布【scikit-learn】
1. 理論
2. 学習
2.1. 基本
モデルを宣言し、fitでデータを当てはめます。
当てはめた後のオブジェクト(gmm)が学習後のモデルです。
means_メソッドやbicメソッド、predict...
Python 【Python】Fisherの正確確率検定【scipy】
1. 理論
例として、全タンパクを化合物 $i$の標的であるかという観点、Pathway $j$の構成タンパクであるという観点から以下のような分割表を作成することを考えます。
全タンパク ($N$)化合物 $i$ に合計含まれ...
bokeh ダイレクトリプログラミングに必要な医薬品を非医薬品に置換
目的の細胞種あるいは細胞の状態へiPS細胞を介さずに直接変換する方法をDirect Reprogramming (DR)と言います。
iPS細胞への変換と同じように、DRも転写因子を導入することで当初は検討されてきました。しかし、転...
bokeh 医薬品を別化合物に代替
本記事では、医薬品と同様の効果を発揮する低分子化合物を探す方法について説明します。
具体的には、こちらの論文で報告されているiPS細胞を誘導する化合物を代替する低分子化合物の組み合わせを探索します。
ChEMBLに登録されてい...
bokeh 【次元削減(PCA/UMAP)】標的Pathwayに基づいた化合物のクラスタリング【混合ガウス分布】
本記事では、こちらの記事で作成した以下のPathwayスコア行列に基づいて、化合物をクラスタリングします。
Pathway $1$Pathway $2$…Pathway $j$…Pathway $N_p$化合物 $1$$p_{11}...
numpy 【ChEMBL/STRING】化合物の標的Pathwayを取得【正確確率検定】
$N_c$種類の化合物と$N_p$種類のPathwayがあるとします。
このとき、「化合物$i$ ($i=1, ..., N_c$)の標的タンパク群」と「Pathway$j$ ($j=1, ..., N_p$)を構成するタンパク群」...
pandas 【R】遺伝子IDおよび遺伝子シンボルの相互変換【biomaRt】
遺伝子名のフォーマットはEnsemblやUniProt等のデータベース毎に異なります。例えばARF5は遺伝子シンボルと呼ばれるフォーマットですが、この遺伝子のEnsemblにおける名称はENSP00000000233、UniProt ID...
matplotlib 【STRING】Pathway一覧と構成タンパクの取得【Reactome】
Pathwayとは、解凍系のような細胞の中で起きる連鎖的な化学反応のことです。
サンプル間のトランスクリプトームやプロテオームにおいて有意に変動した遺伝子群が似ていても、Pathwayの観点では似ていないことがあります。
その...