備忘録 【備忘録】PythonのSympyで(n元連立)(m次)方程式を解く【代数】
Sympyを用いると方程式を代数的に解いてくれます。本記事では2元連立1次方程式10元連立1次方程式2次方程式(実数解)2次方程式(複素数解)を例に挙げて Sympy の使い方をメモします。SympyのインストールSympyを用いるので、下...
用語集・備忘録
備忘録 
RNA-Seq 【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【ペアエンド】
ペアエンド の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。はじめにLinux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。md5sumによるデータの確認Trimmo...
RNA-Seq 【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【シングルエンド】
Single End の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。はじめにLinux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。md5sumによるデータの確認T...
RNA-Seq 【備忘録】HISAT2の準備【RNA-Seq】
RNA-Seqデータ解析などで用いる HISAT2 のインストール方法と使い方についてメモします。ダウンロードこちらから「Binaries」の「Version: HISAT2 2.2.1」をクリックし、「Version: HISAT2 2....
RNA-Seq 【備忘録】Trimmomaticの準備【RNA-Seq】
SNP calling や RNA-Seqデータ解析などで用いる Trimmomatic のインストール方法と使い方についてメモします。はじめにTrimmomatic は Java で書かれているアダプタートリミング/クオリティチェックのツ...
備忘録 【備忘録】PythonのBokehでBandのグラフを描く【可視化】
サムネのようなグラフの描き方を記しておきます。PythonのBokehを用います。BokehのインストールBokehを用いるので、下記等でBokehをインストールしておきます。pip install bokehライブラリBokehのうち、以...
生命科学 【生命科学】エレクトロポレーション法【用語解説】
エレクトロポレーション法（Electroporation）は、外部から電気パルスを加えることで細胞膜に微小な孔を開け、DNAやRNAといった大分子を細胞の内部へ導入する手法の一つです。もともとは遺伝子導入のために開発された技術で、遺伝子改変...
生命科学 【生命科学】リポフェクション法【用語解説】
リポフェクション法とは、遺伝子の導入手法の一つで、リポソームを使用し、細胞にDNAを送り込む方法を指します。原理リポフェクション法の原理は、DNA分子とリポソームが複合体を形成することによりDNAが細胞膜を透過しやすくなる、というものです。...
生命科学 【生命科学】ストレプトマイシン【用語解説】
ストレプトマイシンは、抗生物質の一種であり、特に結核菌に対して効果を発揮します。化学式は$\text{C}_{21}\text{H}_{39}\text{N}_{7}\text{O}_{12}$であり、その構造は1つのグルコース環、1つのス...
生命科学 【生命科学】アンピシリン【用語解説】
アンピシリンは、化学式$\text{C}_{16}\text{H}_{19}\text{N}_{3}\text{O}_{4}\text{S}$を持つ半合成型の広義スペクトルペニシリン系抗生物質です。アミノペニシリンの1つであり、グラム陽性菌...