scanpyを用いた解析

マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞は細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。

バーチャル細胞の構築には数千〜数万のマルチオミクスデータが必要であるため、現在の主たるバーチャル細胞の構築は細胞の数だけデータが得られる1細胞マルチオミクスを用いて行われています。

本記事では、1細胞マルチオームの基本的な解析とバーチャル細胞の構築方法を説明します。

1. はじめに

本記事は、以下の続きです。

1細胞マルチオームの実験と得られるデータ形式

マルチオミクスのデータを用いることで、サンプルに含まれる細胞群を代表したバーチャル細胞を構築することが可能です。バーチャル細胞は細胞の状態の時間変化をシミュレーションできる予測モデルです。ただし、バーチャル細胞の構築には数千〜数万...

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2025.04.21

本記事ではPythonのライブラリであるscanpyによる1細胞RNA-Seqデータの解析について説明します。

2. 目次

• 実験原理とデータ構造の説明。
• Cell Rangerによる前処理。
• scanpyによる前処理。
• Cell Rangerによる複数データの統合。
• Monocleによる複数データの統合。