RNA-Seq 【備忘録】HISAT2の準備【RNA-Seq】
RNA-Seqデータ解析などで用いる HISAT2 のインストール方法と使い方についてメモします。ダウンロードこちらから「Binaries」の「Version: HISAT2 2.2.1」をクリックし、「Version: HISAT2 2....
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RNA-Seq 【備忘録】Trimmomaticの準備【RNA-Seq】
SNP calling や RNA-Seqデータ解析などで用いる Trimmomatic のインストール方法と使い方についてメモします。はじめにTrimmomatic は Java で書かれているアダプタートリミング/クオリティチェックのツ...
備忘録 【備忘録】PythonのBokehでBandのグラフを描く【可視化】
サムネのようなグラフの描き方を記しておきます。PythonのBokehを用います。BokehのインストールBokehを用いるので、下記等でBokehをインストールしておきます。pip install bokehライブラリBokehのうち、以...
生命科学 【生命科学】エレクトロポレーション法【用語解説】
エレクトロポレーション法（Electroporation）は、外部から電気パルスを加えることで細胞膜に微小な孔を開け、DNAやRNAといった大分子を細胞の内部へ導入する手法の一つです。もともとは遺伝子導入のために開発された技術で、遺伝子改変...
生命科学 【生命科学】リポフェクション法【用語解説】
リポフェクション法とは、遺伝子の導入手法の一つで、リポソームを使用し、細胞にDNAを送り込む方法を指します。原理リポフェクション法の原理は、DNA分子とリポソームが複合体を形成することによりDNAが細胞膜を透過しやすくなる、というものです。...
生命科学 【生命科学】ストレプトマイシン【用語解説】
ストレプトマイシンは、抗生物質の一種であり、特に結核菌に対して効果を発揮します。化学式は$\text{C}_{21}\text{H}_{39}\text{N}_{7}\text{O}_{12}$であり、その構造は1つのグルコース環、1つのス...
生命科学 【生命科学】アンピシリン【用語解説】
アンピシリンは、化学式$\text{C}_{16}\text{H}_{19}\text{N}_{3}\text{O}_{4}\text{S}$を持つ半合成型の広義スペクトルペニシリン系抗生物質です。アミノペニシリンの1つであり、グラム陽性菌...
生命科学 【生命科学】薬剤耐性遺伝子【用語解説】
薬剤耐性遺伝子とは、特定の抗生物質などの薬剤に対する耐性の原因となる遺伝子のことを指します。これらの遺伝子は、生物が薬剤の存在下で生存する能力を得るために進化的に取得したものであり、主に細菌などの微生物に見られます。メカニズムこれらの耐性遺...
生命科学 【生命科学】全ゲノムショットガン法【用語解説】
概要全ゲノムショットガン法(Whole Genome Shotgun Sequencing: WGS)は、ゲノム全体を無作為に切断し、それぞれの断片の塩基配列を解読し、最終的に全体の塩基配列を決定する方法です。WGSの手法は、初めてゲノムシ...
生命科学 【生命科学】階層化ショットガン法【用語解説】
概要階層化ショットガン法（Hierarchical Shotgun Sequencing）は、ゲノムシーケンシングの方法の一つであり、全ゲノムショットガン法と比較されます。本方法は、１つのゲノムを複数の小さな断片（コンティグ）に分割し、それ...