【生命科学】アガロースゲル電気泳動【用語解説】

アガロースゲル電気泳動は、DNAやRNAなどの核酸を分離し、そのサイズを決定するために広く使用される生化学的手法です。この方法は、アガロースゲルと呼ばれる多孔性の媒体を利用し、電場をかけることで核酸分子を移動させ、分離します。

原理

アガロースゲル電気泳動は、核酸分子をサイズに基づいて分離する一般的な方法です。核酸分子は電気陰性を持つため、電場中で陽極に向かって移動します。アガロースゲルは多孔性で、小さい分子ほど速くゲルを通過します。

サンプルがRNAの場合は、ホルムアルデヒドを用いた電気泳動を行います。RNAは高次構造を形成しているため、そのままではゲル上での移動がサイズに比例しません。そこで、ホルムアルデヒド電気泳動は、サンプルにホルムアルデヒドを加え、また、ホルムアルデヒドを含むゲルを使用してRNAの二次構造を壊してRNAのサイズに基づいて分離します。

ゲルの準備: ホルムアルデヒドを含むアガロースゲルを作成します。通常のアガロースゲルより柔らかいことに注意します。またホルムアルデヒドは毒性があることにも注意します。
サンプルの準備: RNAサンプルにホルムアルデヒドを加え、65℃程度で15分ほど加熱して二次構造を壊します。
電気泳動: 電気泳動装置にゲルをセットし、RNAサンプルをロードして電気泳動を行います。
染色と可視化: ゲル中のRNAをEtBr等の特定の染色液で染色し、RNAバンドを可視化します。

核酸の分子量は、電気泳動後の移動距離とλ/HindIIIなどの既知の分子量マーカーとの比較によって推定されます。

アガロースゲル電気泳動は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動（PAGE）と比較されることが多いです。PAGEは主にタンパク質の分離に用いられます。PAGEでタンパク質の分離をする実験はSDS-PAGEと呼ばれます。

アガロースゲル電気泳動は、遺伝子クローニング、PCR産物の確認、遺伝子発現解析など多様な分野で応用されています。

アガロースゲル電気泳動は、生命科学研究における基本的な技術の一つであり、分子生物学の実験で広く利用されています。そのシンプルさと高い効率性は、研究者にとって重要なツールを提供しています。